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无籽西瓜具有生长势强、抗病、含糖量高的特点，但也存在采种量低、发芽率低、成苗率低的“三低”问题。为此各地都在探索解决途径。综合各地生产及试验结果，可以采用以下有效措施克服“三低”。
1、人工辅助授粉。无籽西瓜制种时，利用父本普通西瓜的混合花粉（同一品种不同株的花粉），对母本四倍体进行人工授粉，使更多、更理想的花粉落到柱头上，增加花粉的发芽率，促进花粉管迅速生长，顺利完成受精作用，从而提高种子质量。
2、增施磷肥。据中国农科院果树研究所研究，增施磷肥平均单瓜产籽量比未施磷区提高12.2-25%。施磷不但能提高母本四倍体西瓜的产籽量，而且对提高四倍体种子孕性，促进种胚发育，提高无籽西瓜种子的千粒重、发芽率和成苗率都有显著作用。
3、适量施硼。据研究，施硼对提高无籽西瓜种子孕性，增加其采种量有较好的效果。育苗时每公斤营养土加硼砂2毫克，孕蕾至开花期间隔7天喷0.05%的硼液2次，亩产籽量比对照高53.4%。
4、合理密植。密植是提高种子产量的重要途径。一般以每亩种植1000-1400株，每株留1个瓜为宜。
5、破壳高温催芽。人工破壳是提高无籽西瓜发芽率简便、有效的措施，一般是先浸种，后破壳。催芽时温度应保持在35℃-37℃。
6、改善栽培条件。播前一定要浸种催芽，采用营养钵育苗，育苗苗床内温度要高于普通西瓜。无籽西瓜幼芽的顶土能力较差，播种时土质要松，播种要浅，盖土0.5厘米为宜，人工剥除“带帽”。
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